EVO

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

進化的アルゴリズムに基づく構造予測を行うアプリケーション。ユニットセル内の原子数・種類をインプットとし、安定な構造・組成を第一原理計算・分子動力学の計算と進化的アルゴリズムによって予測する。Pythonで書かれており、Quantum ESPRESSOかGULPを外部ルーチンとして使用する。

アプリ詳細へ

Open Babel

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

化学構造ファイルのフォーマット変換のためのオープンソースアプリケーション。110種類以上の分子構造フォーマットに対応しており、データベースの利用・構築やケモインフォマティクスなどの情報学などへの応用も視野にいれた活発な開発が行われている。Windows用のグラフィカルユーザーインターフェイスも提供されている。

アプリ詳細へ

CrySPY

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

第一原理計算や古典MDプログラムを利用した、結晶構造探索ツール。結晶の組成を与えるだけで、結晶構造の生成から探索までを自動で行う。ver0.6.1では探索アルゴリズムとして、ランダムサーチ、ベイズ最適化およびLAQAが使用可能となっている。VASPやQuantum ESPRESSO、LAMMPSとのインターフェースを備えている。

アプリ詳細へ

NAP

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

分子動力学法、量子・古典ハイブリッドシミュレーション、nudged elastic band法による化学反応経路探索、ポテンシャルパラメータフィッティングなどを行うアプリケーション群。分子動力学アプリケーションは種々の金属や半導体に対応した原子間ポテンシャルを含有しており、空間分割による並列計算に対応している。

アプリ詳細へ

GENESIS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

生体分子シミュレーションを行うオープンソースの分子動力学アプリケーション。京コンピュータを始めとした超高並列環境に対応しており、タンパク質や生体分子の分子動力学計算を高速で行う事ができる。全原子計算と粗視化モデル計算の両方に対応しており、レプリカ交換法などの拡張アンサンブル計算も可能。GPLライセンスで公開されている。

アプリ詳細へ

MDACP

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

Lennard-Jonesポテンシャルを持つ粒子用の並列分子動力学コード。C++で記述され、MPI+OpenMPを用いて空間分割により並列化されており、超高並列の環境下での実行が可能となっている。

アプリ詳細へ

OpenKIM

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

分子シミュレーションのためのオープンソースツール群・データベース。分子動力学計算に用いられる分子間力モデル(分子間力ポテンシャルや力場)の情報を無償でダウンロードできるほか、計算結果のデータやテストツールなどもダウンロードできる。分子動力学プログラムと分子間力モデルをつなぐAPI(Application Programming Interface)も提供している。

アプリ詳細へ

ArgusLab

  • 公開度 2 ★★☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

量子化学計算のための分子モデリング・可視化アプリケーション。分子構造の作成と簡単な汎用力場による分子動力学計算や構造最適化や、Gaussian等の入力ファイルの作成・可視化等の機能がある。Windows XPで動作するバイナリファイルが公開されており、非公式ながらWindows7、iPad、Linux対応版もある。

アプリ詳細へ

ELSES

  • 公開度 1 ★☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

強束縛近似に基づいた電子状態計算ならびに分子動力学計算を行うアプリケーション。クリロフ部分空間法などの手法により、多くの原子を含む大規模な物理系に対してオーダーN電子状態計算を行う。MPI/openMPハイブリッド並列により超並列計算が可能で、京コンピュータ上で1000万個オーダーの原子を計算した実績を有する。

アプリ詳細へ

RISM/3D-RISM

  • 公開度 1 ★☆☆
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

液体の統計力学理論に基づいた溶媒中の物質構造解析プログラム。溶質分子周りの溶媒の確率分布を求め、溶媒和自由エネルギーや圧縮率、部分モル容積などの種々の物理量を計算する。大規模並列計算に対応した高速フーリエ変換を実装し、他の手法では予測が難しいタンパク質の分子認識や生体高分子の水和構造などの解析が可能。

アプリ詳細へ