高分子や無機材料などの構造・物性に関する材料データベース。物質・材料研究機構が運営を行っており、材料の結晶構造、種々の物性値、相図などのデータをウェブベースのユーザーインタフェースにより提供している。高分子や無機材料のデータベースの他、状態図や電子構造の計算データベースも提供する。無料であるが、要登録。
物質材料の第一原理計算結果のデータベース。結晶構造、バンド構造、熱力学量、相図、磁気モーメントなどを提供する。MITの研究グループが運営を行っており、Li電池材料のデータが特に充実している。ウェブベースのユーザーインタフェースに加えて、httpベースのAPIも提供されており、ユーザ独自のスクリーニングが可能。無料であるが、要登録。
マルチカノニカル分子動力学法を用いて第一原理計算の結果を最大限再現する原子間ポテンシャルを構築するソフトウェア。シリコン、イオン結晶、金属、水など様々な物質に対応するポテンシャルが用意されており、使用者が用意したポテンシャルも利用できる。必要な第一原理計算は通常xTAPPを用いるが、他の計算ライブラリも利用可能。
任意の分子集合体に対する汎用の大規模分子動力学計算プログラム。長距離力の取り扱いを含め、ナノ分野・バイオ分野における分子動力学計算に必要な各種手法を備える。高効率の並列計算が可能であり、超並列スパコンを用いて溶媒中のウイルス(約1000万原子)の全原子計算やリポソーム(数十万原子)の長時間計算が可能。
半経験的量子化学計算アプリケーション。分子動力学計算に力点が置かれており、OpenMP/MPIハイブリッド並列により、大規模計算機クラスターで効率よく並列計算を行うことができる。開発途上であるが、ソースコードはGPLライセンスで公開されている。
X線スペクトル解析で重要となる原子の多重項計算を行うアプリケーション。複数の計算モジュールとグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)からなる。遷移金属化合物で特に重要となる結晶場や電荷移動の効果を取り入れることができ、内殻電子が関わる各種X線分光の実験結果を解釈する際に上で重要な情報を得ることができる。
タンパク質や核酸などの生体高分子シミュレーションを行うオープンソースの分子動力学アプリケーション。ハイブリッド並列化とともに精度の高いエネルギー保存を実現しており、Particle Mesh Ewald法による長距離相互作用計算にも対応している。GPLライセンスで公開されている。
グリッドデータを利用したメゾスケールの物性計算のためのC++インターフェース集。提供されるヘッダファイルを用いて、モンテカルロ法、セルラーオートマトン、フェーズフィールド法などによる凝固・粒界成長やスピノダル分解のプログラムを容易に構築できる。MPI並列計算に対応し、ParaViewなどの可視化ソフト用の出力ファイルも作成可能。
テンソルネットワーク法のための並列テンソル計算C++ライブラリ．テンソル積状態やテンソルくりこみ群など各種手法に共通した演算，例えばテンソルの縮約や特異値分解など，が実装されている．PythonのNumpy，Scipyに似たインターフェイスを採用することで，既存コードの並列化移植を容易にしている．
分子模型画像から構造ファイルを習得できるWebアプリケーション。スマートフォンやデジタルカメラで複数枚撮影した分子模型画像からOpenMVG, OpenMVSを使用して三次元再構成を行い、それらを基に原子を配置することで分子シミュレーションに使用可能な構造ファイル（CMLフォーマット）を取得できる。これにより分子模型を使用して検討した構造を基にシミュレーションを行うことが可能。