GASP

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

遺伝的アルゴリズムに基づく構造予測を行うアプリケーション。結晶、分子、原子クラスターなどの安定な構造・組成を、第一原理計算や分子動力学を用いて予測する。VASP、LAMMPS、MOPAC、GULP、JDFTxなどの様々なコードとのインターフェイスを持ち、並列化されたアーキテクチャにおいても効率的に動作する。

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GENESIS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

生体分子シミュレーションを行うオープンソースの分子動力学アプリケーション。京コンピュータを始めとした超高並列環境に対応しており、タンパク質や生体分子の分子動力学計算を高速で行う事ができる。全原子計算と粗視化モデル計算の両方に対応しており、レプリカ交換法などの拡張アンサンブル計算も可能。GPLライセンスで公開されている。

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GISP

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

分子動力学計算を学ぶための教育支援アプリケーション。Gromacs用のユーザーインターフェースとなっており、GUIから計算したいPDBファイルを選択する事でコマンドラインの入力無しに溶媒と溶媒中のタンパク質の計算を行う事が可能。

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