Mm2cML

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

分子模型画像から構造ファイルを習得できるWebアプリケーション。スマートフォンやデジタルカメラで複数枚撮影した分子模型画像からOpenMVG, OpenMVSを使用して三次元再構成を行い、それらを基に原子を配置することで分子シミュレーションに使用可能な構造ファイル(CMLフォーマット)を取得できる。これにより分子模型を使用して検討した構造を基にシミュレーションを行うことが可能。

アプリ詳細へ

Molden

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

量子化学計算の前処理/後処理のためのオープンソースアプリケーション。GAUSSIAN, GAMESS, MOPACの結果だけではなく、Molden形式で保存された他のアプリケーションで得られた結果も処理できる。Postscript, XWindows, VRML, OpenGLなど多数の描画インターフェイスに対応し、分子軌道や電子密度の可視化や分子振動の動画作成が可能。

アプリ詳細へ

Maxent

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

マキシマムエントロピー法を用いて多体のグリーン関数の解析接続を行なうツール。虚軸上のグリーン関数のデータから実軸上のグリーン関数を求めることができる。様々なタイプのグリーン関数(ボゾン、フェルミオン、異常グリーン関数など)に対応している。

アプリ詳細へ

Molekel

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

分子モデリング・可視化のためのオープンソースアプリケーション。Gaussian、GAMESS、ADF、Molden形式に対応しており、分子表面の可視化に、軌道、電子密度、溶媒接触表面、ファンデアワールス半径といった多様な描画形式がある。高速、高品質なレンダリング技術を搭載し、Windows、Mac、Linux上で動作する。

アプリ詳細へ

Molpro

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

有償の第一原理量子化学計算アプリケーション。ハートリー-フォック(HF)近似、密度汎関数法のほか、多くのpost-HF計算手法(MP法、f12法、多配置SCF法、結合クラスター法など)による分子軌道計算を行う。経路積分インスタントン法や量子モンテカルロ法、密度行列くりこみ群法なども実装している。

アプリ詳細へ

MDACP

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

Lennard-Jonesポテンシャルを持つ粒子用の並列分子動力学コード。C++で記述され、MPI+OpenMPを用いて空間分割により並列化されており、超高並列の環境下での実行が可能となっている。

アプリ詳細へ

MOPAC

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

NDDO (neglect of diatomic differential overlap) 近似に基づいたオープンソースの半経験的量子化学計算アプリケーション。分子や結晶などの幅広い系に対して、分子軌道や力場のほか、振動スペクトル、熱力学量(生成熱など)、同位体置換効果、力定数などの諸量を計算できる。ラジカルやイオンも取り扱い可能。

アプリ詳細へ

myPresto

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

医薬品開発・構造生物学用のオープンソースアプリケーション。化合物データベース、蛋白質—薬物ドッキング、薬物スクリーニング、薬物の類似化合物探索、蛋白質の薬物結合サイト予測、分子エディター、溶解度などの物性予測、薬物分子合成容易性予測、マルチカノニカル統計などの熱力学量の計算やGPUやMPIによる並列化も利用できる高速分子動力学計算が可能。

アプリ詳細へ

Molcas

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

非経験的量子化学計算を行うアプリケーション。SCF/DFT法、CASSCF/RASSCF法、CASPT2/RASPT2法により基底状態や励起状態の計算が可能であるが、特に励起状態のポテンシャルエネルギー面の計算用に設計されている。高速、高精度、頑強なコードとなっており、ソースは公開されている。

アプリ詳細へ

Matrix Product Toolkit

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

行列積状態(MPS)を利用して有効格子模型を数値的に解くプログラムパッケージ。一次元量子系の基底状態やその時間発展をMPSを利用した無限系アルゴリズムを用いて数値的に評価することができる。チュートリアルが充実しており、多くの計算例が提供されている。C++によって実装されている。

アプリ詳細へ