ERmodチュートリアル:エネルギー表示法による溶液系・ナノ不均一弱秩序系の全原子自由エネルギー計算
簡易チュートリアル
https://sourceforge.net/p/ermod/wiki/QuickStartGuide/
公式サイトへのリンク
https://sourceforge.net/projects/ermod/
入力・出力形式
簡易チュートリアルに説明があります。また、vmdpluginがサポートしている形式であれば、trajectory readingが可能です。
現在アプリ掲載数292件
お問合せ / アプリ掲載依頼ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するソフトウェア。分子動力学法とエネルギー表示溶液理論を組み合わせ、ソフト分子集団への物質結合の 自由エネルギーを早く精度よく計算する。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定できる。ミセル・脂質 膜・タンパク質への物質結合の強度とサイトも評価可能。
https://sourceforge.net/p/ermod/wiki/QuickStartGuide/
https://sourceforge.net/projects/ermod/
簡易チュートリアルに説明があります。また、vmdpluginがサポートしている形式であれば、trajectory readingが可能です。