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ERmod

  • 公開度:3 ★★★
  • ドキュメント充実度:2 ★★☆

ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するソフトウェア。分子動力学法とエネルギー表示溶液理論を組み合わせ、ソフト分子集団への物質結合の 自由エネルギーを早く精度よく計算する。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定できる。ミセル・脂質 膜・タンパク質への物質結合の強度とサイトも評価可能。

ERmodチュートリアル:エネルギー表示法による溶液系・ナノ不均一弱秩序系の全原子自由エネルギー計算

簡易チュートリアル

https://sourceforge.net/p/ermod/wiki/QuickStartGuide/

公式サイトへのリンク

https://sourceforge.net/projects/ermod/

入力・出力形式

簡易チュートリアルに説明があります。また、vmdpluginがサポートしている形式であれば、trajectory readingが可能です。

簡単なサンプル

https://sourceforge.net/projects/ermod/files/data_example/

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