タンパク質と核酸の構造データベース。X線結晶解析法やNMR法（核磁気共鳴法）などによって実験的に決定されたタンパク質・核酸の3次元構造(原子の立体配座)のデータをダウンロードすることができる。PDBに登録されたデータはパブリックドメインのもとで公開されており、誰でも無償でアクセスすることができる。
ケンブリッジ大学が運営する有償の有機物構造データベース。X線構造解析によって得られた小さな有機分子の分子構造や有機金属化合物の結晶構造をダウンロードすることができる。ケンブリッジ大学内の機関(Cambridge Crystallographic Data Centre, CCDC)が運営している。
オープンアクセスの結晶構造データベースサイト。有機物・無機物・金属有機化合物・鉱物などの結晶構造データを入手することができる。2017年時点でおよそ40万種の物質構造データを公開している。Web上のグラフィカルユーザーインターフェイスで3次元構造を可視化することも可能。