REM

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

MODYLAS、AMBER、CHARMMなどの既存の分子動力学シミュレーションソフトにレプリカ交換法の機能を付加するアプリケーション。オリジナルの分子動力学プログラムを変更することなく、容易にレプリカ交換法を実現することができる。京コンピュータで高い並列化性能を示す。

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Keras

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

機械学習のためのオープンソース計算ライブラリ。他の機械学習ライブラリ(TensorFlow,CNTK,Theanoなど)の上部で動作させることができ、比較的短いコードでニューラルネットワークを構築することができる。多くの機械学習・深層学習の手法が実装されており、最先端の手法をすばやく試すことができる。Pythonで記述されている。

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aenet (ænet, The Atomic Energy Network)

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

人工ニューラルネットワークを用いた原子間ポテンシャルに関連したソフトウェア。第一原理計算のエネルギーと物質の構造データからニューラルネットワークポテンシャルを生成できる。生成したポテンシャルはASEなどの分子動力学・モンテカルロシミュレーションに適用することもできる。

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H-wave

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

遍歴電子系を対象に非制限Hartree-Fock(UHF)近似および乱雑位相近似(RPA)を行うためのプログラム。UHF近似は、実空間だけでなく、並進対称性を利用した波数空間での解析にも対応している。一体・二体の相互作用を定義する入力ファイルはWannier90形式に基づいているため、Wannier90RESPACKにより導出されたWannier90形式に従った第一原理有効ハミルトニアンを扱うこともできる

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FermiSurfer

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

フェルミ面の可視化を行うアプリケーション。最小限の入力データからFermi面の描画およびFermi面上での任意のスカラー量(Fermi速度の絶対値\(|{\boldsymbol v}_{n {\boldsymbol k}}|\)や超伝導ギャップ\(\Delta_{n {\boldsymbol k}}\)等)のカラープロットを行う。簡単なGUIを備えており、裸眼立体視画像やノーダルライン等の表示/非表示をスムーズに切り替えることができる。

 

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FMO in GAMESS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

全系を小さなフラグメントに分割して計算することにより、巨大分子・分子系の分子軌道計算を高効率に行うソフトで、量子化学計算プログラムGAMESSに組み込まれている。タンパク質とリガンドの間の相互作用評価など、生体高分子の構造と機能に関するさまざまな知見を得ることができる。

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TOMBO

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

全電子混合基底法を用いた第一原理計算のプログラム。孤立系、表面・界面、結晶などの広範な物理系を対象とし、芯電子から価電子までのすべての電子状態を計算する。GW法などの各種計算手法に対応しており、並列計算にも対応。時間依存密度汎関数理論にもとづく電子励起状態の分子動力学計算も高精度で実行できる。

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KOBEPACK

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 2 ★★☆

S=1スピン鎖のランチョス法による数値対角化パッケージ。TITPACKのコードを内部で使用しており、有限一次元スピン鎖の基底状態・低エネルギー励起状態の固有エネルギーと固有ベクトルを計算する。行列要素を部分空間コーディング法で記述しており、計算時間・メモリ使用量を大幅に減らしている。

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OVITO

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

分子動力学用に開発された原子・分子の可視化のためのオープンソースアプリケーション。多くの種類の分子配置ファイルに対応しており、原子・分子の可視化やアニメーション作成を行うことができる。多くの解析ツールを有することが特徴で、グラフィカルユーザーインターフェイス(GUI)による直観的な操作で様々な処理が可能。

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LIQ𝑈𝑖⏐〉 (Language-Integrated Quantum Operations, LIQUID)

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 3 ★★★

量子計算のためのソフトウェア・アーキテクチャ。量子アルゴリズムを作成するためにデザインされたプログラム言語も提供されている。LIQ𝑈𝑖⏐〉を用いることで、ユーザは量子回路を定義することができ、量子テレポーテーションや量子化学などのシミュレーションを行うことができる。

 

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