MateriApps LIVE! においてLAMMPSの出力結果をOVITOを用いて可視化する
Last Update:2023/09/25
（注）Docker版のMateriApps LIVE!にはOVITOはインストールされていないため、Docker版の場合は共有フォルダに出力し、ホスト側に別途インストールしたOVITOで可視化する。
- MateriApps LIVE! 上 の LAMMPS の example の中の nemd を実行する。
/usr/share/lammps/examples/nemd を自分のホームディレクトリにコピーする。
$ cp -r /usr/share/lammps/examples/nemd ~/- nemdのディレクトリへ移動する。
$ cd ~/nemd- in.nmed を修正する。
nemdのディレクトリにあるin.nemdをエディタを使って修正する。以下のコマンドを実行し、mousepadエディタを立ち上げる。
in.nemdの修正内容は以下の通り。
修正前：#dump 1 all custom 5000 dump.nemd id type x y z
修正後：dump 1 all custom 5000 dump.nemd id type x y z編集が終わったら左上のFileメニューからSaveを選択しファイルを上書き保存する。保存後、ウインドウの右上にあるバツマークをクリックしてmousepadを閉じる。
- LAMMPS を実行する。
$ mpirun -np 2 lmp < in.nemdLAMMPSの実行が正常終了したら、dump.nemdができているか確認する。
$ ls
dump.nemd in.nemd log.lammps- OVITOを起動する。
$ ovito dump.nemd
のような画面が表示される。
- 動径分布関数（RDF）を表示する。
図の赤い四角の「add modification」の中の「coordination analysis」を選択と 動径分布関数（RDF）の表示される。
- 動画を見る。
図の中の「▶️」をクリックすると各ステップごとの状態が表示される。
