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VESTA

  • 公開度:2 ★★☆
  • ドキュメント充実度:2 ★★☆

Windows, Linux, Mac OS Xで動作する結晶構造ならびにグリッドデータの可視化ソフト。30通りの構造データフォーマット、17通りの3次元グリッドデータフォーマットの入力に対応すると共に、13通りの構造データフォーマット、6通りのグリッドデータフォーマットの出力に対応する。非商用の用途には無料でバイナリ配布されている。

VESTAの利用例
Last Update:2021/12/09
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MateriApps開発チーム

はじめに

VESTAは結晶構造の可視化に役立つソフトウェアである。執筆者もよく利用するソフトウェアであるが、使いやすく、美しい結晶構造の図が簡単に描画できる。さらに第一原理計算ソフトウェアの入力ファイルへの変換や、計算結果の可視化にも利用できる。

ここではVESTAのインストール方法、cifファイルの入手方法、結晶構造の表示の仕方を簡単に述べる。

インストール方法

VESTAは各種OSに対応したバイナリが用意されている。下記Webページからダウンロードしてインストールを行う。
http://jp-minerals.org/vesta/jp/

cifファイルの入手方法

結晶構造ファイルはcifファイル形式で配布されている。cifファイルは各種データベースから入手できる。

例えばNIMS物質・材料データベースの無機材料データベースには、8万件以上の結晶構造データが登録されている。
http://mits.nims.go.jp/

ここでは下記の結晶構造ギャラリーに掲載されている結晶構造ファイルを利用してみよう。
https://staff.aist.go.jp/nomura-k/japanese/itscgallary.htm
Webページ中のリストの最初にある酸化ジルコニウムの欄の「cif」と書かれているボタンをクリックし、結晶構造ファイル(ZrO2-25C.cif)を入手する。

結晶構造の表示方法

VESTAを起動し、File→Openとし、ダウンロードしたファイルを選択すると、酸化ジルコニアの結晶構造が表示される。図はマウスで回転や拡大・縮小させることができる。

もっと見栄えをよくしてみよう。Edit→Bondsとすると、下記のWindowが開く。

Newボタンを押し、A2のリストをO(酸素原子)に、Min. lengthを1.8, Max. lengthを2.2とする。これによって、ZrとOが1.8Åから2.2Åの間の距離にある場合に原子間ボンドを表示される。さらにObjects→Boundaryを選択し、新しく開くウィンドウでx(max)を2, y(max)を2とすると、x,y方向にユニットセルの2周期分を表示するようになる。

おわりに

VESTAでは多彩な表示オプションをもっている。詳しい情報は下記Webを参照のこと。

VESTAのマニュアル
http://jp-minerals.org/vesta/jp/doc.html

VESTAの簡単な使い方
http://e-m.skr.jp/sub/VESTA-v001-gaku.pdf

実習資料
http://science.shinshu-u.ac.jp/~tiiyama/?page_id=3186

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