LAMMPS

公開度：3 ★★★

ドキュメント充実度：3 ★★★

オープンソースの汎用古典分子動力学アプリケーション。ソフトマター、固体、メソスコピック系などの多くの系で動力学計算を行うことができる。原子の動力学計算や一般的な粒子のシミュレーターとしても利用可能で、空間分割を用いた並行計算にも対応する。GPLライセンスを採用し、コードは変更や拡張が容易となるようにデザインされている。

LAMMPS の MateriApps LIVE! での体験記（2018.6.16）
Last Update:2021/12/09

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MateriApps開発チーム

LAMMPS(11 Aug 2017)を MateriApps LIVE!上で実行してみた。

準備：

MateriApps LIVE! の利用の詳細は、MaterApps LIVE! の Wiki を参照する。

LAMMPSのサンプルの入力ファイルは、MateriApps LIVE!の /usr/share/doc/lammps-doc/examples/ にある

実行例：

サンプルの入力ファイル /usr/share/doc/lammps-doc/examples/melt/in.melt（FCC格子状に並んだLJ粒子）を実行する。
$ lammps -in in.melt

次に可視化用のファイルを出力するように入力ファイル in.melt を修正する。
in.melt のコピーを取り、in.melt_dump を作成する。
$ cp in.melt in.melt_dump
in.melt_dump において、
#dump id all atom 50 dump.melt
の#を取って、
dump id all atom 50 dump.melt
とする。

修正した in.melt_dump を実行する。
$ lammps -in in.melt_dump
出力された dump.melt を可視化ツールVMDを用いて表示する。