量子化学計算を行うオープンソースアプリケーション。ハートリー-フォック近似、密度汎関数理論、結合クラスター法、CI法などを用いた量子化学計算を行うことができる。プログラムはC++で書かれているが、Python用のAPIが提供されており、Python上から設定や計算の実行などを行うことができる。
高並列計算のために設計された生体分子のオープンソースの分子動力学アプリケーション。数100コア〜200,000コア程度の並列計算を効率よく行うことができる。計算のセットアップと軌道解析には、分子可視化ソフトVMDを使用する。AMBER、CHARMMなどの他の計算アプリとのファイル互換性を持ち、様々な計算環境で利用が可能。
粉末回折データ解析のためのオープンソースアプリケーション。結晶・ナノ構造体・アモルファス物質などの回折データから原子座標や原子価数和、化学結合などの情報を求めることができる。Python言語によって記述されており、多機能かつ柔軟性のあるデータ解析・フィッティングが可能となっている。
量子化学計算の前処理/後処理のためのオープンソースアプリケーション。GAUSSIAN, GAMESS, MOPACの結果だけではなく、Molden形式で保存された他のアプリケーションで得られた結果も処理できる。Postscript, XWindows, VRML, OpenGLなど多数の描画インターフェイスに対応し、分子軌道や電子密度の可視化や分子振動の動画作成が可能。
ベーラー・パリネロ型ニューラルネットワークポテンシャルを実装するソフトウェアパッケージ。構造とエネルギーを関連付けるデータからポテンシャルを学習したり、学習済みのポテンシャルを任意の構造に対して評価するためのツール群を提供する。LAMMPSと組み合わせることで分子動力学計算も実行可能。
全系を小さなフラグメントに分割して計算することにより、巨大分子・分子系の分子軌道計算を高効率に行うソフトで、量子化学計算プログラムGAMESSに組み込まれている。タンパク質とリガンドの間の相互作用評価など、生体高分子の構造と機能に関するさまざまな知見を得ることができる。
生体分子シミュレーションを行うオープンソースの分子動力学アプリケーション。京コンピュータを始めとした超高並列環境に対応しており、タンパク質や生体分子の分子動力学計算を高速で行う事ができる。全原子計算と粗視化モデル計算の両方に対応しており、レプリカ交換法などの拡張アンサンブル計算も可能。GPLライセンスで公開されている。
多粒子系の可視化を行うオープンソースアプリケーション。分子動力学計算で得られた粒子配置やポテンシャルエネルギーなどの3次元スカラー量の情報を、グラフィカルユーザーインターフェイス(GUI)やコマンドラインによる操作で比較的容易に可視化することができる。多様な粒子種や回転楕円体の表示オプションがあり、粒子間ボンド形成の可視化も可能。
UNIX系プラットフォームで動作する結晶構造ならびにグリッドデータの可視化のためのオープンソースアプリケーション。GAUSSIAN, CRYSTAL, Quantum Espresso(PWscf), WIEN2k, FHI98MDなど、多くのソフトの出力ファイルに対応している。電子密度やポテンシャルなどの3次元データの可視化に加えて、フェルミ面の表示も行うことができる。
密度行列くりこみ群法を利用した量子化学計算を行うオープンソースアプリケーション。多くの原子軌道を有する系においても、低エネルギーのエネルギー固有値を1kcal/mol程度の誤差で精度良く計算する事が可能。特に原子軌道が鎖状または円環状に配置しているような一次元的なトポロジーを持つ系の計算に適している。