生体高分子の可視化を行うアプリケーション。独自のコマンドラインとグラフィカルユーザーインターフェース、600種以上の設定項目、20種以上の表現方法を備え、高分子の可視化を直感的に行うことができる。PDB, multi-SDFなど30以上のファイル形式をサポートし、レイトレーシングによる描画など高度な可視化も可能。
量子化学計算の前処理/後処理のためのオープンソースアプリケーション。GAUSSIAN, GAMESS, MOPACの結果だけではなく、Molden形式で保存された他のアプリケーションで得られた結果も処理できる。Postscript, XWindows, VRML, OpenGLなど多数の描画インターフェイスに対応し、分子軌道や電子密度の可視化や分子振動の動画作成が可能。
第一原理計算ソフト(OpenMX, TranSIESTA)の出力ファイルからゼーベック係数やペルチェ係数などの熱電物性を計算するアプリ。計算結果を可視化することができるほか、電子密度や状態密度などの可視化も可能。
密度汎関数理論に基づく第一原理計算アプリケーション(DFTコード)の入力ファイル作成の補助ツール。系の原子構造を3次元コンピュータグラフィックス(3DCG)によって視覚的に確認しながら、基本的な計算パラメータをグラフィカルユーザーインターフェース(GUI) で調整し、多種のDFTコードの入力ファイルを作成できる。DFTコード間の入力ファイルの変換も可能。
OpenMX Viewer (Open source package for Material eXplorer Viewer) は結晶構造や分子構造を可視化するウェブベースのGUIプログラムです。OpenMX Viewerのウェブサイト上にcifファイルやOpenMXのインプットファイルをドラッグ＆ドロップするだけで構造を可視化することができます。
xyz, cif, OpenMX input/output の他に、構造最適化やMolecular dynamicsの結果を保存したmdファイルを読み込みアニメーションを再生したり、cubeファイルから3次元等値面を可視化したりすることができます。
分子モデリング・可視化のためのオープンソースアプリケーション。Gaussian、GAMESS、ADF、Molden形式に対応しており、分子表面の可視化に、軌道、電子密度、溶媒接触表面、ファンデアワールス半径といった多様な描画形式がある。高速、高品質なレンダリング技術を搭載し、Windows、Mac、Linux上で動作する。
UNIX系プラットフォームで動作する結晶構造ならびにグリッドデータの可視化のためのオープンソースアプリケーション。GAUSSIAN, CRYSTAL, Quantum Espresso(PWscf), WIEN2k, FHI98MDなど、多くのソフトの出力ファイルに対応している。電子密度やポテンシャルなどの3次元データの可視化に加えて、フェルミ面の表示も行うことができる。
分子・生体高分子のモデリング・可視化のためのオープンソース多機能アプリケーション。マルチスケールの分子シュミレーション用に開発され、AMBERやGaussian等の簡易GUI機能も持つ。蛋白質の残基の入れ替え機能や蛋白質電子移動のPathwaysモデルのコードを実装しているのが特徴。原子・分子の描画機能等はrasmolを呼び出して使っている。
CIFファイルに記載された原子のサイト占有率に基づいて、指定したスーパーセルでの結晶構造を求めるpythonツール。対称性の観点から非等価な結晶構造を網羅的かつ過不足なく求められる。コマンドラインツールとしても他のPythonスクリプト上のモジュールとしても利用できる。
量子化学計算、分子動力学計算、第一原理計算に関する統合アプリケーション。入力ファイルの作成から、計算の実行、結果解析・表示まで、シミュレーションに必要な一通りの操作をマウス操作で実行可能。GAMESS、NWChem、Gromacs、LAMMPS、Quantum ESPRESSO、OpenMXなどの国内外の第一線の研究者に使われているオープンソースのソルバや、MOPAC、Gaussianなどの業界標準的なソルバに対応。