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Atomic Simulation Environment (ASE)

  • 公開度：3 ★★★
  • ドキュメント充実度：3 ★★★

原子構造モデリング・シュミレーション管理・可視化などを行うpythonモジュール群。数多くの第一原理計算・古典分子動力学・量子化学計算アプリケーションに対応しており、GUI、コマンドライン、pythonスクリプトなど、複数のインタフェースを備える。LGPLに基いて公開されている。

MateriApps LIVE! 上で、ASE を用いてLAMMPSを実行する
Last Update:2023/07/13
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MateriApps開発チーム

LAMMPSでNaCl分子に応力を加える計算を行う。

pip install ase
  • LAMMPSrun のページを参考に下記の内容でexamle.pyを作成する
from ase import Atoms, Atom
from ase.calculators.lammpsrun import LAMMPS

a = [6.5, 6.5, 7.7]
d = 2.3608
NaCl = Atoms([Atom('Na', [0, 0, 0]),
Atom('Cl', [0, 0, d])],
cell=a, pbc=True)

calc = LAMMPS()
NaCl.calc = calc

print(NaCl.get_stress())
  • ASEを実行する
export ASE_LAMMPSRUN_COMMAND="mpirun lmp"

python3 example.py

実行結果

[0.      0.      0.0004212 0.       0.       0.      ]
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