OpenMX Viewer (Open source package for Material eXplorer Viewer) は結晶構造や分子構造を可視化するウェブベースのGUIプログラムです。OpenMX Viewerのウェブサイト上にcifファイルやOpenMXのインプットファイルをドラッグ＆ドロップするだけで構造を可視化することができます。
xyz, cif, OpenMX input/output の他に、構造最適化やMolecular dynamicsの結果を保存したmdファイルを読み込みアニメーションを再生したり、cubeファイルから3次元等値面を可視化したりすることができます。
巨大分子の構造モデリングのためのGUIプログラム。fumodelとfuplotの二つのプログラムからなる。前者はFMO in GAMESSの入力データ作成支援機能を含む。後者は、FMO計算結果をグラフ描画するためのソフトウェアである。
分子・結晶のための3D描画ソフト。原子軌道やポリゴン、スプライン曲線などの3Dオブジェクトを描画できる。MultiPieと連携することで、対称操作や既約表現を考慮した描画も行える。Pythonコードから呼び出すことも可能。
分子モデリング・可視化のためのアプリケーション。TINKER, MSMS, Firefly, GAMESS, MOPAC, Gaussianなどのアプリと連携しており、特にGAMESSによるFMO計算の可視化には必要不可欠なアプリである。グラフィカルユーザーインターフェースによる各種入力ファイルの作成、基準振動の動画表示、遷移状態近傍のエネルギー・構造の可視化などが可能。
GAMESSの入出力用に開発されたオープンソースの可視化アプリケーション。GAMESS形式以外にXYZ、MolDen、pdb、CML形式のファイルを読み込め、GUIやZ-Matrix形式による座標の指定も可能である。分子軌道、電子密度、静電ポテンシャル、基準振動などの結果を描画でき、出力形式も多様である。
格子動的モンテカルロ法に対応したモデルを指定し、実行するためのアプリケーション。不均一触媒のシミュレーション向けに開発されている。Pythonに対応したAPIを介して利用する。簡易なGUIも同梱する。
フェルミ面の可視化を行うアプリケーション。最小限の入力データからFermi面の描画およびFermi面上での任意のスカラー量(Fermi速度の絶対値\(|{\boldsymbol v}_{n {\boldsymbol k}}|\)や超伝導ギャップ\(\Delta_{n {\boldsymbol k}}\)等)のカラープロットを行う。簡単なGUIを備えており、裸眼立体視画像やノーダルライン等の表示/非表示をスムーズに切り替えることができる。
Protein Data Bank (PDB)フォーマット用のシンプルなオープンソースの蛋白質可視化アプリケーション。Sybyl, Molden, Mopac, CHARMM等のフォーマットにも対応している。インタラクティブなPDBビュアーとしては比較的初期のものである。
多粒子系の可視化を行うオープンソースアプリケーション。分子動力学計算で得られた粒子配置やポテンシャルエネルギーなどの3次元スカラー量の情報を、グラフィカルユーザーインターフェイス(GUI)やコマンドラインによる操作で比較的容易に可視化することができる。多様な粒子種や回転楕円体の表示オプションがあり、粒子間ボンド形成の可視化も可能。
有名な量子化学計算ソフトであるGaussianシリーズの純正可視化アプリケーション。有償・ソース非公開だが、分子モデルの構築、パラメータの設定、ジョブの管理、計算結果の表示など、多岐にわたる機能を有する。Gaussianの入力ファイル作成と各種出力ファイルを用いた結果の可視化のほか、Sybyl, Molden, PDB, CIFの構造フォーマットも読み書きできる。