Lennard-Jonesポテンシャルを持つ粒子用の並列分子動力学コード。C++で記述され、MPI+OpenMPを用いて空間分割により並列化されており、超高並列の環境下での実行が可能となっている。
NDDO (neglect of diatomic differential overlap) 近似に基づいたオープンソースの半経験的量子化学計算アプリケーション。分子や結晶などの幅広い系に対して、分子軌道や力場のほか、振動スペクトル、熱力学量(生成熱など)、同位体置換効果、力定数などの諸量を計算できる。ラジカルやイオンも取り扱い可能。
X線スペクトル解析で重要となる原子の多重項計算を行うアプリケーション。複数の計算モジュールとグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)からなる。遷移金属化合物で特に重要となる結晶場や電荷移動の効果を取り入れることができ、内殻電子が関わる各種X線分光の実験結果を解釈する際に上で重要な情報を得ることができる。
タンパク質や核酸などの生体高分子シミュレーションを行うオープンソースの分子動力学アプリケーション。ハイブリッド並列化とともに精度の高いエネルギー保存を実現しており、Particle Mesh Ewald法による長距離相互作用計算にも対応している。GPLライセンスで公開されている。
グリッドデータを利用したメゾスケールの物性計算のためのC++インターフェース集。提供されるヘッダファイルを用いて、モンテカルロ法、セルラーオートマトン、フェーズフィールド法などによる凝固・粒界成長やスピノダル分解のプログラムを容易に構築できる。MPI並列計算に対応し、ParaViewなどの可視化ソフト用の出力ファイルも作成可能。
テンソルネットワーク法のための並列テンソル計算C++ライブラリ．テンソル積状態やテンソルくりこみ群など各種手法に共通した演算，例えばテンソルの縮約や特異値分解など，が実装されている．PythonのNumpy，Scipyに似たインターフェイスを採用することで，既存コードの並列化移植を容易にしている．
分子模型画像から構造ファイルを習得できるWebアプリケーション。スマートフォンやデジタルカメラで複数枚撮影した分子模型画像からOpenMVG, OpenMVSを使用して三次元再構成を行い、それらを基に原子を配置することで分子シミュレーションに使用可能な構造ファイル（CMLフォーマット）を取得できる。これにより分子模型を使用して検討した構造を基にシミュレーションを行うことが可能。
オープンソースの計算物質科学アプリケーションやツール類を、macOSをはじめ、Linux PCやクラスタワークステーション、さらには国内の主要なスパコンシステムにインストールするためのシェルスクリプト集。東大物性研の全国共同利用スパコンでも、MateriApps Installerを用いて主要アプリケーションがプレインストールされている。
量子化学計算の前処理/後処理のためのオープンソースアプリケーション。GAUSSIAN, GAMESS, MOPACの結果だけではなく、Molden形式で保存された他のアプリケーションで得られた結果も処理できる。Postscript, XWindows, VRML, OpenGLなど多数の描画インターフェイスに対応し、分子軌道や電子密度の可視化や分子振動の動画作成が可能。
モーメント・テンソルポテンシャルを実装するソフトウェアパッケージ。ポテンシャルの学習および学習済みのポテンシャルを用いたLAMMPSによる分子動力学計算が実行可能。分子動力学計算と組み合わせた能動学習も利用可能。