EVO

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

進化的アルゴリズムに基づく構造予測を行うアプリケーション。ユニットセル内の原子数・種類をインプットとし、安定な構造・組成を第一原理計算・分子動力学の計算と進化的アルゴリズムによって予測する。Pythonで書かれており、Quantum ESPRESSOかGULPを外部ルーチンとして使用する。

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HRC Experiment Support Web tools

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆
J-PARCの物質・生命科学実験施設に設置された中性子散乱装置HRCで実験を行う際のサポートツール。HRCでの中性子非弾性散乱でアクセスできるQ-ωスペースを可視化したり、結晶の方位を決定するためのツールを揃えている。
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NAP

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

分子動力学法、量子・古典ハイブリッドシミュレーション、nudged elastic band法による化学反応経路探索、ポテンシャルパラメータフィッティングなどを行うアプリケーション群。分子動力学アプリケーションは種々の金属や半導体に対応した原子間ポテンシャルを含有しており、空間分割による並列計算に対応している。

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M2TD

  • 公開度 1 ★☆☆
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

マルチカノニカル分子動力学法を用いて第一原理計算の結果を最大限再現する原子間ポテンシャルを構築するソフトウェア。シリコン、イオン結晶、金属、水など様々な物質に対応するポテンシャルが用意されており、使用者が用意したポテンシャルも利用できる。必要な第一原理計算は通常xTAPPを用いるが、他の計算ライブラリも利用可能。

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EigenKernel

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

超並列計算機に適した実対称密行列固有値問題の数値計算ルーチン。標準・一般化固有値問題の両方に対応し、固有値問題ライブラリであるELPA・EigenExa・ScaLAPACKのルーチンを最適複合することで、高速計算を達成している。ミニアプリも含まれており、ベンチマークに利用可。

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QDS

  • 公開度 1 ★☆☆
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

QDS (Quantum Dynamics Simulator)。分子磁性体の磁化曲線と電子スピン共鳴吸収スペクトルを計算するプログラム。スピン間の磁気相互作用や形状などを入力することで、厳密対角化法と量子マスター方程式・久保公式を組み合わせた計算を行う。動的磁化曲線の計算では散逸の有無を選択可能。

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QtDraw

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

分子・結晶のための3D描画ソフト。原子軌道やポリゴン、スプライン曲線などの3Dオブジェクトを描画できる。MultiPieと連携することで、対称操作や既約表現を考慮した描画も行える。Pythonコードから呼び出すことも可能。

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MolDS

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 1 ★☆☆

半経験的量子化学計算アプリケーション。分子動力学計算に力点が置かれており、OpenMP/MPIハイブリッド並列により、大規模計算機クラスターで効率よく並列計算を行うことができる。開発途上であるが、ソースコードはGPLライセンスで公開されている。

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TINKER

  • 公開度 0 ☆☆☆
  • ドキュメント充実度 0 ☆☆☆

オープンソースの分子動力学計算アプリケーション。生体高分子や溶媒などの多数の分子・原子からなる系の分子動力学シュミレーションを実行できる。多くの力場セット・アルゴリズムを実装しており、OpenMPによる並列計算にも対応。Javaによるグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)も付属している。

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OpenMX Viewer

  • 公開度 3 ★★★
  • ドキュメント充実度 0 ☆☆☆

OpenMX Viewer (Open source package for Material eXplorer Viewer) は結晶構造や分子構造を可視化するウェブベースのGUIプログラムです。OpenMX Viewerのウェブサイト上にcifファイルやOpenMXのインプットファイルをドラッグ&ドロップするだけで構造を可視化することができます。

xyz, cif, OpenMX input/output の他に、構造最適化やMolecular dynamicsの結果を保存したmdファイルを読み込みアニメーションを再生したり、cubeファイルから3次元等値面を可視化したりすることができます。

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