タンパク質や核酸などの生体高分子シミュレーションを行うオープンソースの分子動力学アプリケーション。ハイブリッド並列化とともに精度の高いエネルギー保存を実現しており、Particle Mesh Ewald法による長距離相互作用計算にも対応している。GPLライセンスで公開されている。
励起状態や時間発展に重点が置かれたオープンソースの汎用量子化学計算アプリケーション。時間依存密度汎関数法による励起状態計算や、QM/MM法による計算が行える。超並列計算に対応しており、数万プロセス程度の並列計算を効率よく実行できる。相対論効果の取り扱いやガウシアン基底/平面波基底の選択が可能。
強束縛近似に基づいた電子状態計算ならびに分子動力学計算を行うアプリケーション。クリロフ部分空間法などの手法により、多くの原子を含む大規模な物理系に対してオーダーN電子状態計算を行う。MPI/openMPハイブリッド並列により超並列計算が可能で、京コンピュータ上で1000万個オーダーの原子を計算した実績を有する。
多くのツールを備えた汎用の分子動力学計算アプリケーション。元々はペプチドやタンパク質、核酸などの生体分子の動力学計算を目的として開発され、溶液、結晶、膜など様々な状況における分子動力学計算を行うことができる。サンプリング方法の変更や自由エネルギー評価が可能で、様々な環境で逐次版・並列版が提供されている。
分子・生体高分子のモデリング・可視化のためのオープンソース多機能アプリケーション。マルチスケールの分子シュミレーション用に開発され、AMBERやGaussian等の簡易GUI機能も持つ。蛋白質の残基の入れ替え機能や蛋白質電子移動のPathwaysモデルのコードを実装しているのが特徴。原子・分子の描画機能等はrasmolを呼び出して使っている。
有償の分子モデリング、可視化アプリケーション。定番の分子構造エディタであるChemDrawが同梱されており、化学構造式からのモデリングも可能。分子力学計算による構造最適化・分子動力学の機能の他、MOPAC, Jaguar, GAMESS, GaussianのGUI機能も持ち、分光学的な解析も可能。上位パッケージのChemBioOfficeやChemOfficeにも含まれている。
分子、表面、固体などの様々な境界条件に対応した格子動力学計算アプリケーション。分子動力学法も使用できるものの、格子ダイナミクスを用いた解析計算に重点が置かれている。イオン物質、有機物、金属などで用いられる様々な力場を使用でき、多くの力場について2階、3階の解析的な微分が用意されている。
オープンソースの計算物質科学アプリケーションやツール類を、macOSをはじめ、Linux PCやクラスタワークステーション、さらには国内の主要なスパコンシステムにインストールするためのシェルスクリプト集。東大物性研の全国共同利用スパコンでも、MateriApps Installerを用いて主要アプリケーションがプレインストールされている。
MODYLAS、AMBER、CHARMMなどの既存の分子動力学シミュレーションソフトにレプリカ交換法の機能を付加するアプリケーション。オリジナルの分子動力学プログラムを変更することなく、容易にレプリカ交換法を実現することができる。京コンピュータで高い並列化性能を示す。
ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するソフトウェア。分子動力学法とエネルギー表示溶液理論を組み合わせ、ソフト分子集団への物質結合の 自由エネルギーを早く精度よく計算する。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定できる。ミセル・脂質 膜・タンパク質への物質結合の強度とサイトも評価可能。